"Teatr Podziemny powstał z inicjatywy Bohdana Korzeniewskiego, który jako delegat rządu polskiego w Londynie odpowiadał za sprawy kultury. Placówką kierowali Leon Schiller i Edmund Wierciński. Teatr Podziemny miał za zadanie przygotować repertuar, który gralibyśmy zaraz po zakończeniu wojny. Próby odbywały się w wielu domach prywatnych, m.in. w mieszkaniu Teresy Roszkowskiej na Saskiej Kępie. Czesław Miłosz tłumaczył Szekspira, a Jarosław Iwaszkiewicz sztuki Giraudoux" - opowiadała po latach artystka ("Rzeczpospolita", 2002).

Lata 1943-45 to działalność artystki w Teatrze Frontowym AK. "Teatr Frontowy Armii Krajowej prowadził Józef Wyszomirski. W zespole znajdowali się tacy aktorzy, jak Tadeusz Fijewski, Jan Ciecierski, Tadeusz Cygler czy Andrzej Łapicki. Wystąpiliśmy nawet dwa razy w Warszawie, przede wszystkim dla władz Biura Informacji Propagandy Komendy Głównej AK. Na jednym ze spektakli był Czesław Miłosz, który po wojnie napisał o naszym teatrze bardzo piękną recenzję" - wspominała Szaflarska.

Podczas Powstania Warszawskiego była łączniczką. Po wojnie, przez rok, występowała w Starym Teatrze w Krakowie (1945-1946), a następnie w Łodzi - w Teatrze Kameralnym. W 1949 r., po likwidacji Kameralnego, przeniosła się do Warszawy. Do 1957 roku występowała w Teatrze Współczesnym, potem w Narodowym (1954-1966). Od 1966, do emerytury w roku 1985, pracowała w Teatrze Dramatycznym. Potem, gościnnie, występowała na scenach niemal wszystkich warszawskich teatrów.

Tuż po wojnie Szaflarska zdobyła w Polsce wielką popularność jako aktorka filmowa - za sprawą ról w "Zakazanych piosenkach" (1946) i "Skarbie" (1948) Leonarda Buczkowskiego. W obu filmach partnerował jej przystojny Jerzy Duszyński.

Autorem scenariusza "Zakazanych piosenek" był Ludwik Starski, a asystentem Buczkowskiego - Jerzy Kawalerowicz. Zbliżona w nastroju do podwórzowej ballady, fabularyzowana antologia patriotycznych i satyrycznych piosenek okupacyjnych, wpleciona w sceny z życia wojennej Warszawy, podbiła serca widzów. Szaflarska zagrała Halinę, która wraz ze swoim bratem Romanem (granym przez Duszyńskiego), działa w organizacji podziemnej. Film bił rekordy powodzenia. Także "Skarb" - komedia o perypetiach młodego małżeństwa, które walczy o lokum w odbudowującej się Warszawie - cieszył się wielkim zainteresowaniem widzów.

Kolejne role Szaflarska zagrała m.in. w "Ludziach z pociągu" (1961) Kazimierza Kutza, w serialu "Lalka" (1977) Ryszarda Bera, "Dolinie Issy" (1982) Tadeusza Konwickiego, "Korczaku" (1990) Andrzeja Wajdy, "Diabłach, diabłach" (1991) Doroty Kędzierzawskiej i "Pożegnaniu z Marią" (1993) Filipa Zylbera.

Aktorka jest ciągle aktywna zawodowo: w 2008 roku na deskach Teatru Ateneum zagrała w sztuce "Odejścia" Vaclava Havla, reżyserowanej przez Izabellę Cywińską. W ostatnich latach, prawie każdego roku na ekranach polskich kin pojawia się film z jej udziałem.

W 2007 r. wielkie uznanie widzów i krytyki przyniosła jej główna rola w filmie Doroty Kędzierzawskiej "Pora umierać", za którą otrzymała nagrodę dla najlepszej aktorki na festiwalu w Gdyni oraz Polską Nagrodę Filmową Orła.

W 2008 roku aktorka zagrała w komedii Juliusza Machulskiego "Ile waży koń trojański?" i w filmie "Jeszcze nie wieczór" (2008) Jacka Bławuta. Rok później można było oglądać ją w "Janosiku. Prawdziwej historii" (2009) Agnieszki Holland i Katarzyny Adamik. W ubiegłym roku aktorka uczestniczyła też w zdjęciach do filmu Janusza Majewskiego "Mała matura 1947".